「専門書」
藤岡祐一：『流動層ハンドブック』，堀尾・森編（倍風館)；流動層を石炭ガス化へ応用するための技術解説（1999）
藤岡祐一：『流動層概論』，
千葉・吉田編（朝倉書店）；流動層石炭ガス化技術の開発に関する解説を分担執筆(1996)
「総説」
藤岡祐一：『温室効果ガス貯留・固定と社会システム』，住・島田編（コロナ社）；二酸化炭素回収貯留に関する課題とその対策についての技術解説を分担執筆（2009）
藤岡祐一：『天然ガス資源とその応用技術』（シーエムシー出版）；天然ガスにおける二酸化炭素回収貯留技術の現状と動向を解説（2008）
藤岡祐一：『図解ＣＯ２貯留テクノロジー』，RITE編，（工業調査会)；CO2の回収貯留技術に関するいろいろな取り組みを紹介している。CO2回収技術を分担執筆（2006）
「審査誌」
S. Yamamoto, S. Yao, S. Kodama, C. Mine, Y.
Fujioka, C. Fushimi, K. Madokoro, K. Naito, Y. Kim：Pulsed plasma PM removal
from diesel exhaust emissions - Influences of reaction
conditions，Electrochemistry 1013-1017
(2009)
T.
Kai, S.Kazama, Y. Fujioka：Development of
cesium-incorporated carbon membranes for CO2 separation under humid conditions，Journal of Membrane Science 342 14-21（2009）
S. Yamamoto, S. Yao, S. Kodama, C. Mine, Y.
Fujioka：Experimental
Study of SOF Oxidation Catalysts under Plasma Discharge Condition，Chemistry Letters 38(6)
598-599 (2009)
R. Nagumo, S. Kazama, Y. Fujioka：Techno-economic
evaluation of the coal-based gasification combined cycle with CO2 capture and
storage technology，Energy Procedia, 1, 4089-4093 (2009)
F. A. Chowdhury,
H. Okabe, S. Shimizu, Y. Fujioka：Development of novel tertiary amine absorbents for CO2 capture，Energy Procedia 1, 1281-1288 (2009)
K. Goto, H. Okabe, S. Shimizu, M. Onoda
and Y. Fujioka：Evaluation method of novel absorbents for CO2 capture，Energy Procedia, 1, 1083-1089 (2009)
S. Kodama, S. Yao, S. Yamamoto, C. Mine, Y.
Fujioka：Oxidation
Mechanism of Diesel Particulate Matter in Plasma Discharges，Chemistry Letters, 38(1), 50-51(2009)
S. Yamamoto,
S. Yao, S. Kodama, C. Mine, Y. Fujioka：Investigation of Transition Metal Oxide Catalysts for Diesel PM
Removal under Plasma Discharge Conditions，The Open
Catalysis Journal 1,11-16(2008)
S. Yamamoto, S. Yao, S. Kodama, C. Mine,
Y. Fujioka：Effects
of O3 and NO2 on Catalytic Oxidation of Diesel PM，Chemistry Letters, 37(9) 998-999(2008)
C. Fushimi, K .Madokoro, S. Yao, Y. Fujioka,
K. Yamada：Influence
of Polarity and Rise Time of Pulse Voltage Waveforms on Diesel Particulate
Matter Removal Using an Uneven Dielectric Barrier Discharge Reactor，Plasma Chem. Plasma Process 28 511-522(2008)
I. Taniguchi, S. Duan, S. Kazama, Y.
Fujioka：Facile
Fabrication of a Navel High Performance CO2 Separation Membrane:
Immobilization of Poly(amido-amine) Dendrimers in Poly(ethylene glycol）Network, Journal of Membrane Science 322 277-280 (2008)
K. Tomizaki, S. Shimizu, M. Onoda, Y.
Fujioka：An
Acid Dissociation Constant (pKa)-based Screening of Chemical Absorbents that
Preferably Capture and Release Pressurized Carbon Dioxide for Greenhouse Gas
Control，Chemistry Letters 7(5) 483-562 (2008)
S. Duan,
F .A. Chowdhury, T. Kai, S. Kazama, Y. Fujioka：PAMAM dendrimer composite membrane for CO2
separation - addition of hydrophilic acid in gutter layer and application of
novel hydroxyl PAMAM dendrimer，Desalination 234 278-285
(2008)
姚 水良、峰 智恵子、伏見 千尋、間所
和彦、小玉 聡、山本 信、藤岡 祐一, 金 允護, 内藤 一哉, 藤川 寛敏, 小川 孝, 丹
功, 長谷川 国生, 田中 裕久：O3とNO2によるPM酸化促進に関する基礎研究，自動車技術会論文集39(2), 337-392（2008）
K. Suzuki, N. Takeuchi, Y. Nihei, K. Madokoro,
C. Fushimi, S. Yao, Y. Fujioka：Removal Properties of Diesel Exhaust Particles by a Dielectric
Barrier Discharge Reactor，Analytical Science 24 253-256
(2008)
高橋 伸英, 三村 富雄, 八木 靖幸, 真野弘, 岡部和弘, 中村光穂, 藤岡祐一：中空糸膜コンタクターのCO2吸収性能に及ぼす膜特性の影響の実験的および理論的検討，化学工学論文集 34(1), 76-84 (2008)
S.
Yao, K. Madokoro, C. Fushimi, Y. Fujioka：Experimental Investigation on Diesel PM Removal Using Uneven DBD
Reactors，AIChE JOURNAL, 53(7), 1891-1897 (2007)
竹内和久，杉森美帆，古川誠治，藤岡祐一，石坂丞二：二酸化炭素の海洋隔離技術と生物への影響 メソコスムにおける混合群集影響，日本水産学会誌 vol.67 762-763 (2001)
竹内和久，古川誠治，杉森美帆，藤岡祐一，草場俊司，広渡和緒：硫黄酸化微生物を利用したスケール付着対策，地熱,38, 328-333 (2001)
Fujioka Y., M. Ozaki, K. Takeuchi, Y.
Shindo and H. Herzog：Cost comparison in various CO2 ocean disposal option,
Energy Convers. Mgmt., 38, 273-277 (1997)
Hirowatari,
K., S. Kusaba, K. Takeuchi, Y. Fujioka：Production of Sulfuric Acid Using Thermo-acidophilic Microorganisms
for Use in Scale Prevention，Geothermal Resources
Council Transaction, Vol.21, 55-60 (1997)
Takeuchi
T., Y. Fujioka, Y. Kawasaki and Y. Shirayama：Impacts of high concentration of CO2 on
marine organisms; a modification of CO2 ocean sequestration，Energy Convers. Mgmt., 38, 337-341 (1997)
藤岡祐一，石栄偉：流動層石炭ガス化炉ベンチスケールとパイロットプラントの石炭ガス化速度の比較，化学工学論文集 vol.22 446-457
(1996)
藤岡祐一，石栄偉：流動層石炭ガス化炉に適用できる簡易石炭ガス化反応速度式，化学工学論文集 vol.22 433-445 (1996)
藤岡祐一，土山佳彦，内田聡：石炭ガス化ガスの石灰石による高温脱硫，化学工学シンポジウムシリーズ vol.48 245-248 (1995)
内田聡，篠田克彦，金子祥三，藤岡祐一，徳田君代，土山佳彦：石炭加圧流動層燃焼炉と流動層ガス化炉の組み合わせによる空気吹き石炭ガス化発電システムの検討，化学工学シンポジウムシリーズ vol.48 137-140 (1995)
Fujioka,
Y., M. Oazaki, K. Takeuchi, Y. Shindo, Y. Yanagisawa, T. Hakuta, and H.
Komiyama：Ocean
CO2 Sequestration at the Depth larger than 3700m，Energy Convers. Mgmt, vol.36, pp551-554 (1995)
Y.
Shindo, T. Hakuta, Y. Fujioka, K. Takeuchi, H. Komiyama：Controlling Effect of CO2
Hydrate Membrane on CO2 Dissolution into Water from the Surface of Liquid CO2，Energy Convers. Mgmt, vol.36, pp479-484 (1995)
Y.
Shindo, Y. Fujioka, K. Takeuchi, H. Komiyama：Kinetics on the Dissolution of CO2 Hydrate
at High Pressure，Int. J. Chem. Kinet, Vol.27, pp569-575
(1995)
Mastuo,
E., Y. Fujioka, K. Takeuchi, S. Ibaraki：CO2 Fixation by Promoting Large-scale Marine Food
Production，Energy Convers. Mgmt, vol.36, 907-910 (1995)
藤岡祐一，土山佳彦，徳田君代，中島文也，内田聡：石灰石による石炭ガス化ガスの高温脱硫方法の検討，化学工学論文集 vol.20 784-792 (1994)
藤岡祐一，石栄偉：流動層石炭ガス化炉における流動層内チャー炭素濃度，化学工学論文集 vol.20
774-783 (1994)
Fujioka,
Y., K. Takeuchi, Y. Shindo and K. Komiyama：Shrinkage of Liquid CO2 Droplets in Water，Int.
J. Energy Res., vol.18, 765-769 (1994)
Fujioka,
Y., K. Takeuchi, M. Oazaki, Y. Shindo and K. Komiyama：Stability of Liquid CO2
in Seawater at High Pressure，Int. J. Energy Res.,
vol.19, 659-664 (1994)
「その他」
藤岡祐一：地球温暖化緩和のためのCO2回収技術の動向, ペトロテック (2009)
藤岡祐一：CO2回収技術の現状と今後の展開，触媒 51(5) 318-324
(2009)
風間伸吾、藤岡祐一：CO2回収型水素製造を実現する膜分離技術，水素エネルギー協会会誌88(4) 278-283 (2009)
後藤和也、小野田正巳、藤岡 祐一：化学吸収法によるCO2分離回収技術最新動向，化学工学 73(2) 72-74 (2009)
藤岡 祐一、水野康信、高木正人：CO2回収･貯留について，火力原子力発電 58 (9) 26-31 (2007)
藤岡祐一：気候変動問題対策としてのCCSとCO2分離回収技術の開発動向，九州環境管理協会会報 ｢環境管理｣ 36 16-23
(2007)
藤岡祐一：CO2分離回収方法，化学工学 71(11) 747-750 (2007)
藤岡祐一：流動層による単層CNTの連続大量製造，2005年CPC研究会研究報 炭素原料科学と材料設計Ⅶ 31-39(2005)
橋崎克雄，田島英彦，藤岡祐一，西田健彦，橋本勉，森康：リチウムイオン電池電力貯蔵システムの開発，三菱技報技報 vol.41, 290-293 (2004)
長田勇，森康，座間正人，藤岡祐一，杉浦恒彦，田中雅，滝真人：アンモニア・水混合流体サイクル高効率発電システムの研究，三菱重工技報 vol.29 214–219 (2001)
竹内和久，古川誠治，杉森美帆，藤岡祐一：メソコスムによるCO2の混合群集影響，月刊海洋 vol.33，807-812（2001）
持田勲，坂西欣也，藤岡祐一，安藤隆：エネルギー新技術 クリーンコールテクノロジー，計測と制御 vol.39, 27-35 (2000)
徳田君代，橋本彰，藤岡祐一，金子祥三：石炭の高度利用発電技術の進展，三菱重工技報
vol.135 378-379 (1998)
尾崎雅彦, 藤岡祐一, 竹内和久, 園田圭介, 末竹義弘：CO2海洋隔離におけるシステムの基本構想，三菱重工技報 vol.34 346-349 (1997)
持田勲，坂西欣也，藤岡祐一：これからのエネルギー石炭の高効率環境受容転換技術の現状と展望，化学工業 vol.48 475-486 (1997)
藤岡祐一,竹内和久,山内康弘,石崎安良,廣瀬和諸,草場俊司：バイオ技術を利用した地熱プラント脱硫装置の開発, 三菱重工技報 vol.32 334-337 (1995)
菅田清，藤岡祐一，中村宏，保田雄二，竹内直和：微生物機能を利用した環境浄化技術，三菱重工技報 vol.32 113-115 (1995)
藤岡祐一：加圧流動層石炭ガス化炉のスケールアップとガス化反応速度，混相流レクチャーシリーズ vol.13 73-84 (1994)
尾崎雅彦,藤岡祐一,竹内和久,園田圭介,STEGEN G.R.：C02海洋隔離の可能性評価に関する基礎研究，三菱重工技報 vol.31 262-265 (1994)
尾崎雅彦，村上信明，藤岡祐一，谷井忠明，川田裕：深海へ送り込み後のCO2挙動に関する基礎研究，三菱重工技報 vol.129 310-314 (1992)
清水勲，田中一宏，曽田正浩，座間正人，藤岡祐一：プレート式多重効用型造水装置の開発，三菱重工技報 vol.26 403-407 (1989)
藤岡祐一，白川精一，石栄偉：石炭ガス化への流動層の適用，化学装置 vol.128 123-129 (1986)
下出雅義，白川精一，岩橋康二，清家弥十郎，藤岡祐一：発電プラント用流動床石炭ガス化炉の開発，三菱重工技報 vol.22 450-456 (1985)